Las manchas marrones en el helecho de Java son signo de una deficiencia de potasio. No es irreversible y si empezamos a tratar la planta con este elemento de forma temprana se recuperará sin problemas.

El potasio no suele estar presente en el agua del grifo con lo que no lo añadimos con los cambios de agua, y la mayoría de fertilizantes líquidos comerciales contienen muchos más químicos de los que necesitamos para este caso.

Por ello recomiendo añadirlo por separado, bien con productos como Seachem Flourish Potassium, o bien consiguiendo sulfato potásico, nitrato potásico o similar, diluirlo y añadirlo en la proporción que podemos encontrar en muchas páginas de acuariofilia. 

Es un problema sencillo, que tiene una apariencia muy mala pero una solución muy fácil.